San Francisco del Rincón fue fundado legalmente el 20 de enero de 1607.
Los fundadores otomíes fueron Juan López, Juan Andrés, Andrés López, Lucas Gavilán, Pedro Nicolás, Juan García, Francisco Hernández, Gabriel Francisco, Jerónimo Joseph, Sebastián y Alonso Martín. Estaban asentados aquí cinco años atrás
Juan Paz de Vallecillo, visitador de la Real Audiencia de Guadalajara, dio posesión de estas tierras a estas familias indígenas cristianizadas, que fueron autoridad los primeros 20 años.
San Francisco del Tule debió asentarse cerca del ojo de agua de la Hacienda de Santiago, donde todavía existe la finca por lo cercano del río, que en época de lluvias se salía de su cauce. Luego, se cambió a lo que hoy es el Centro en 1613.
La tribu Otomí fundadora dijeron que tenían determinado formar un pueblo de indios en los llanos de esta instancia para lo cual habían hecho sus casas, en un sitio junto a un Ojo de agua, que está ubicado en el Rincón.
Es una República de Indios, con facultad de elegir a sus propias autoridades para los asuntos internos, pero supeditados al Alcalde Mayor de la Villa de Santa María de los Lagos, y en 1629, a la Villa de San Sebastián de León.
En 1755 los indígenas de estas tierras intentaron desalojar a los españoles en rebelión contra las autoridades leonesas. El tumulto es un antecedente importante de la Guerra de Independencia.
La primera noticia documentada sobre el levantamiento de Don Miguel Hidalgo y Costilla se conoce en San Francisco del Rincón a fines del mes de septiembre de 1810, y desde esta fecha hasta 1821, se libraron batallas importantes como en el Sauz de Armenta, La Sarteneja o la misma Hacienda de Santiago.
LA FUNDACIÓN
«Estando en un paraje y puesto jurídico de dicho pueblo que es del arroyo que baja del cerro pequeño que está a mano izquierda del camino Real que va a la Villa de León en donde está un árbol de mezquite».
El juez tomó la mano de don Jerónimo López, Gobernador del pueblo y la de don Miguel el Alcalde y Esteban López, Alguacil mayor y a Pedro Hernández, Gabriel y Martín, indios principales de dicho pueblo.
«Arrancaron hierbas y con piedras, formaron una cruz y después pusieron una cruz de madera e hicieron otros actos de posesión del pueblo».
El juez tomó las manos de los presentes y les dijo:
«En nombre de su majestad doy posesión de las tierras que corren desde este puesto hasta las lagunillas, hacia dicho pueblo del rincón que en la dicha real ejecutoria se declara y los susodichos dijeron que tomaban y prendían la dicha posesión».
En 1613 la mayor parte de sus habitantes eran otomíes y tarascos, 69 familias españolas y 83 mestizos, además de 3 mulatos.
