A lo largo de la historia el águila ha sido modificada siete veces a lo largo de la historia hasta consolidarse como es ahora: un águila real posada en un cactus mientras devora a una serpiente.
De acuerdo con información del mismo Gobierno de México, la primera Bandera mexicana fue el estandarte con la imagen de la Virgen de Guadalupe que empuñó el cura Miguel Hidalgo durante el grito de Dolores.
Más adelante, ya consumada la gesta de Independencia, en 1821, el gobierno de Agustín de Iturbide adoptó la Bandera tricolor del primer Gobierno Mexicano, considerada la Segunda Bandera Nacional, aunque algunos textos la consideran la primera.
En este lábaro ya se incluía la figura del águila posada sobre un nopal. También se utilizaron los tres colores hasta ahora vigentes: verde, blanco y rojo; así como la corona del Imperio y el escudo al centro con la imagen del águila, aunque no aparece como la actual, devorando una serpiente.
También se registra como Segunda Bandera Nacional la que utilizó Benito Juárez cuando asumió al poder y estableció la República.
La Tercera Bandera Nacional es la que ondeó durante el imperio de Maximiliano I de México en los territorios que estaban en su poder.
Ahora, su nuevo diseño observa cambios en sus proporciones, además de que se colocaron cuatro águilas coronadas en cada esquina del lábaro. El aspecto se aproximaba a la del Escudo Imperial Francés, y estuvo vigente hasta 1867, con la muerte del monarca austríaco.
En 1968, durante la presidencia de Gustavo Díaz Ordaz, se adoptó por decreto la Cuarta Bandera Nacional, que es la que actualmente conocemos, y confirmada por la ley el 24 de febrero de 1984. Entre sus características más importantes es que el escudo con el águila está en ambos lados. Se ha comentado que esta versión definitiva se debió al papel de México como anfitrión de los XIX Juegos Olímpicos.
Además de estas banderas, que se pueden considera como oficiales, hubo otras que derivaron de la coyuntura histórica y política del momento. Una de ellas, fue la Bandera del Ejército Trigarante que se destacó durante el Plan de Iguala y que ya distinguía los tres colores: blanco, que significaba la religión católica, el verde la independencia, y el rojo, la unión de los mexicanos.
Se colocó un águila de perfil con lo que se hacía alusión a la República.
El escudo de la bandera nacional se basa en la leyenda que narra cuando Huitzilopochtli profetizó a los aztecas, durante su migración desde Aztlán, que debían buscar en un lago un águila posada sobre un nopal con una serpiente entre sus garras. Al ver esta escena, fundaron en ese lugar la ciudad de Tenochtitlán, la actual Ciudad de México.
El modelo actual del escudo de la bandera fue diseñado por los arquitectos Francisco Eppens Helguera y Pedro Moctezuma Días Infante, el cual fue presentado el 24 de febrero de 1969.
