El Estado ocupa los primeros lugares en abasto de medicamentos, acorde a la Comisión Nacional de Protección Social en Salud junto con Querétaro, México, Ciudad de México, y Puebla.
Un 95.6 por ciento registra el indicador de entrega de medicamentos, en el cuadro básico estatal que se ofrece en el primer nivel (centros de salud y CAISES), un puntaje alto acorde a los índices de evaluación de la Federación.
Mientras en el segundo nivel de atención, es decir en los Hospitales Generales, el indicador es del 98 por ciento en su eficacia. Los medicamentos se encuentran disponible acorde al cuadro básico vigente para la población afiliada al seguro popular.
Las entidades se sujetan a los precios de referencia establecidos por la Federación. Además, de que los servicios de medicamentos se adquieren bajo el esquema de tercerización; que incluye la administración, almacenamiento, seguros, supervisión, inventario, entrega y distribución, sistemas informáticos, a farmacias de las unidades médicas y servicios de unidosis (con tecnología robotizada europea) para el personal hospitalizado, y el pago exclusivo sólo por medicamento consumido por pacientes.
Con el esquema de compra propio, se generan ahorros, idénticos o mejores a los de la compra consolidada de la federación, lo que ha permitido la construcción de nuevas unidades médicas que permiten llevar servicios de salud a comunidades marginadas a donde no llegan otros sistemas públicos o privados, generando bienestar y salud a la población más vulnerable.
Para el control y abastecimiento de medicamentos en las unidades de primer, segundo y tercer nivel de atención, se cuenta además con una red de servicio, misma que trabaja de manera ininterrumpida para garantizar el abasto. Así, nuestras más de 620 unidades médicas tienen la garantía de entrega.
Estos son algunos de los precios comparativos contra los que ofrece la compra consolidada:
| Medicamento | Compra consolidada | Compra de Guanajuato |
| Omeprazol | 23.71 pesos | 9.84 pesos |
| Metformina | 6.58 pesos | 6.58 pesos |
| Cloruro de sodio inyectable | 6.97 pesos | 5.18 pesos |



